Подскажите. один пассажир с гражданством ЕС и визой в РФ, другой пассажир с гражданством РФ. Как лучше всего доехать из Вильнюса в Калининград?

Поезд, автобус, электричка, такси.

Прямым автобусом из Вильнюса или поездом из Кяны. Достаточно просто электричкой или автобусом до Кибартая - пеший переход в Чернышевское и такси, автобус в Клд, можно через Гусев, там транспорт чаще.