Можно ли в одном армянском банке (например ID) выводить деньги с ИПшного счета на счет другого физлица ? Или оба счета должны быть зарегистрированы на одно лицо?

Я бы на вашем месте посоветовался с вашим бухгалтером. Скорее всего это будет воспринято как зарплата сотруднику.

Выводите себе и потом кому угодно, никаких ограничений на такую последовательность нет. Переведя деньги другому ФЛ вы можете дать налоговой причины думать, что это оплата услуг.