Можно ли выйти из Литвы, а на другой день опять войти. Есть такая необходимость.

Если есть на въезд документы соответствующие, то почему нет.

Очень интересный глагол вы используете) из страны обычно выезжают и въезжают) а так да, можно. хоть на 5 минут. нет разницы по времени отсутствия в стране.