Подскажите, если есть документ ВНЖ/ПМЖ, то по нему можно лететь в Португалию без наличия шенгена, а также передвигаться по всему ЕС без наличия шенгена, тк там нет паспортного контроля, верно?

Правильнее будет "с ним". Вы должны иметь при себе и паспорт, и ВНЖ. Некоторые страны ЕС не входят в Шенген — для таких стран лучше уточняйте, можно ли в них попасть по вашему ВНЖ. В остальном — да, визу не нужно получать, если есть ВНЖ в стране ЕС+Шенгена.