Подскажите пожалуйста, если человек имеет гражданство РФ, находится на территории Израиля , и загран паспорт просрочен , как быть? Как улететь в Россию с таким паспортом?

Если просрочен паспорт РФ и нет гражданства Израиля, могут не выпустить. В РФ могут оштрафовать.

Идти в консульство. Улететь весьма проблематично если нет израильского. На рейс российской авиакомпании даже билет будет купить проблематично, там нужно вводить срок действия паспорта.