Подскажите, пожалуйста, репатриируюсь в Израиль по жене. В свидетельстве о браке, она взяла мою фамилию, но все свои документы не меняла, паспорт РФ и загранпаспорт старая фамилия. Будет это проблемой?

Загран паспорт больше не действителен в таком случае по теории.

Ей нужно все документы переделать на новую фамилию. Они все недействительны.

Конечно будет, по документам получается, что это другой человек, документы недействительны.