Прилетел из России в Армению по внутреннему паспорту. Потом поехал в Грузию по загран. Теперь нужно вернуться в Россию через Армению.

Не должен. У россиян вообще два заграна может быть. Есть знакомые, у которых два паспорта, пользуются то одним, то другим (нужно со всякими странами, которые не пускают, если есть штамп какой-то страны, с которой они не дружат), говорят, никогда никто не спрашивал.