У кого есть ИП в Грузии, подскажите, как правильно отчитаться по налогам если принимал платежи на разные счета? И можно ли иметь вообще несколько счетов Ип в разных банках?

По нескольким счетам ип - точно можно, сам сейчас несколько пытаюсь открыть, не возбраняется.

Если нет ндс, то так же как и с один счетом, никаких ограничений нет.

Просто ведете учёт в журнале учёта доходов, все декларируете и оплачиваете налог. Можете иметь столько счетов и платежных систем, сколько вам нужно.