Подскажите, если средства придут на счет грузинского ИП от компании, которая не является работодателем, то есть с которой нет договора, налоговая к этому придирается? Могут быть вопросы, даже если я заплачу налог с этой суммы ?

Вы сами решаете, какие документы Вам необходимы, чтобы в случае проверки показать легальностьи официальность Вашей деятельности и соответствие ее заявленной. Если это доход, полученный по Вашему ИП, декларируйте и оплачивайте налоги. Вносите в Журнал учета джоходов. Желательно в назначении платежа хотя бы указать, за что оплата, если по какой-то причине не можете заключить договор, например. Здесь никакие обязательные документы по предпринимателськой деятельности, кроме транспортных накладных, не регламентированы.