Такой вопрос, если открыть бизнес счёт в боге и в тбс, как потом взаимодействовать с налоговой, как-то можно выбирать основной счёт для налоговой?

Можете хоть все выбирать, а можете никакой. Вы просто работаете со всеми своими счетами и платежными системами, вносите весь доход в Журнал учета доходов, деклараируете и оплачиваете налоги. Документы ведете для себя, если банк либо налоговая попросит подтвердить легальность и официальность Вашей деятельности и соответствие ее заявлленной.