Я правильно понимаю, что лучше платить 1% со всей суммы оплаты по инвойсу, а не с суммы, которая приходит на бизнес-счёт в Грузии за вычетом комиссии банка-посредника в свифт-переводе?

Не будет, но основные документы, которые Вы предоставляете при проверке, это Журнал учета доходов и выписки со счетов. И дополнительно договора, инвойсы и т. п,, котрые подтверждают легальность и официальность Вашей деятельности и соответвие ее заявленной. Соответственно, если в договоре не указано, что расходы по переводам ложатся на Вас, то деклараируете по выпискам со счетов и эти же суммы указываете в Журнале. Если декларируете по инвойсам, то и в Журнал вносите суммы по инвойсам.