Подскажите про пересечение границы Эстонии для людей с двумя гражданствами, РФ-Израиль. Со мной будет мой сын, у нас РФ-Израиль, спросят согласие от отца? к сожалению, я никак не смогу его получить.

Нет. С одним родителем можно без согласия. Если разные фамилии, то св о рождении возьмите.

В паспорте родителя на странице дети должна быть дополнительная круглая печать. Если фамилии разные - это существенно.