Подскажите пожалуйста, в каком районе Самарканда лучше остановиться в рамках туристической поездки?

Останавливались на университетском бульваре.

Поближе к основным объектам, где-нибудь в районе Регистан ~ Гур-Эмир (они близко). Там много гостевых домов, можно обзоры на Букинге посмотреть и примерные цены (бронировать там необязательно, напрямую без Букинга будет дешевле).