Подскажите кто отплачивает налог через карту бог, вы с бизнес карты платите налог или с личной, и есть ли разница ?

Уточните, вы имеете в виду оплату на сайте рс. ге или из личного кабинета бог? в первом случае без разницы, во втором может не зачислится.

Есть. Со счета, который привязан в лк наллоговой, обычно хорошо зачисляется, с личного счета - чаще всего не зачисляется сразу.