А при подаче на студвизу в СПб забирают загранпаспорт пока идёт рассмотрение?

Чаще да.

Когда как, у меня в первый раз забрали (я так понимаю как посчитает нужным консул, в зависимости от полноты пакета документов и наличия отказов), второй раз не забирали, в третий раз опять забрали.