Не успеваю сделать апостиль на свежую справку о несудимости, на старой стоит апостиль . Это очень критично для консульской проверки на репатриацию в Израиль?

Зависит от того, когда была выдана старая.

Если уже не успеваете, то нет смысла об этом переживать. Если есть на кого оставить доверенность - сделайте это.

Вам не надо делать апостиль. Берите старую с апостилем и новую без.