Если поступление на счёт ИП будет с PayPal, то это будет расцениваться как работа с иностранными клиентами, в этом случае - лимит для статуса малого бизнеса 500,000 лари , так получается ?

Поступление будет расцениваться как работа с иностранными клиентами, если это иностранные клиенты. Нет разницы, куда они вам платят, на пэйпал или на грузинский счёт.

Не факт, это будет зависит от билинг адреса плательщика. И там могут быть люди из Грузии. Тогда НДС есть. А ещё с физлицами не все так просто.