На насколкьо хорошая идея (если других вариантов нет) выписывать recibo на российскую компанию , если работаю в Португалии по самозанятости?

Если услуги не под санкциями, то можно если под санкциями, то для налоговой тоже можно, но могут быть проблемки с законом вообще (но это не точно)

Если услуги не в санкционном списке (а он довольно длинный и обтекаемый) - никакого криминала в этом нет. Но если вдруг где то есть «тонкий лед» типа айти услуг - можно очень легко под него провалиться, а под ним может ждать уголовный срок