При въезде в Беларусь по внутреннему РФ паспорту как то отмечают мой заезд? Что будет если я буду находиться в Белоруссии более чем 90 дней без визы?

Ничего не отмечаю. По идеи нужна временная регистрация, но как поймут что вы дольше 90 дней . Это если въезд на машине.

Регистрироваться нужно, чтобы в один прекрасный день не возникло сюрпризов. Ситуации бывают разные. Чем дольше живёшь нелегалом, тем они становятся вероятнее. Живи по закону и спи спокойно.

Виза для граждан РФ вроде ж не нужна даже по истечении 90 дней. При въезде в паспорт ничего не ставят. Регистрироваться после 90 дней нужно (это если по закону), но это делают редкие люди.