У кого есть ИП в Грузии, подскажите, пожалуйста, если мне единым платежом перевели зп + компенсацию за оплату билетов в командировку, то с какой суммы мне нужно платить налог? И как объяснить (если где-то надо объяснять), откуда сумма такая странная?

Со всей.

У ИП не может быть странных сумм, можно заработать меньше, можно больше. И у ИП не зп, а доход. Если Вы ИП и это Ваш доход, и осуществляете данную деятельность по малому статусу, то налоги оплачиваете на весь доход. По общей системе - доходы минус документально подтвержденные расходы. Если нужно какие-то суммы где-то показать, чтобы были документы, подтверждающие, что это Ваш доход по ИП, то на основании договора, например, делаете инвойс, в который эту сумму и вносите.