Есть ли сроки какие-то в течение которых ИП в Грузии может быть в неактивном статусе? И, если так, то надо ли подавать годовую декларацию, если был доход?

Сроков нет. В неактивном статусе деятельность не ведётся и декларации не подаются. Если ведете деятельность, то сначала нужно вернутся в активный статус. Если работали по малому статусу, то проверить, не слетел ли он. Декларации подаются в периоде активности в соответствии с Вашей/вашими системами налогообложения.