Можно ли поменять данные паспорта у компании FLYONE?

Даже оплаченное место, если вы поменять букву нужно оплачивать. В вашем случае это будет платно. Правильнее всего не регистрировать онлайн а заплатить на стойке за регистрацию и показать оба паспорта. Возможно это будет дешевле, чем менять все данные паспорта.