Прилетаю из Москвы. Есть лессе-пассе. В аэропорту Израиля я должен вставать в очередь на таможенный контроль? Или с лессе-пассе можно пройти сразу через турникеты? Когда прилетал только с внутренним паспортом, пришлось стоять в очереди.

Идете там где проходят граждане Израиля.

Таможенный контроль нужно проходить всем пассажирам, независимо от того, какой у них паспорт. Всё как везде, если есть что-то, подлежащее декларированию, идите в красный коридор, если нет, в зеленый.