Где лучше подавать на ВНЖ в Казахстане: в небольшом городе, где родился, в крупном городе, где родня по линии отца или в Астане, где учится в ВУЗе ребёнок (а, значит и центр моих жизненных интересов)?

В вашем случае без разницы. У вас по упрощёнке 99.9% одобрение.

Там, где у вас с нотариальным согласием собственника жилья на проживание и постоянную регистрацию будет проще, ну и с самой регистрацией в итоге.