Подскажите, если просрочить пребывание, то депортируют из Малайзии ?

Если на пару дней, то штраф, и как с миграционной полицией обсудите. Сможете доказать, что других вариантов выехать\вылететь\уплыть не было из-за здоровья\потери документов\других серьёзных причин, немного попугают, попросят оплатить оверстей. При следующем въезде без визы могут отказать Но с большей вероятностью будут проблемы, если тянуть кота за хвост и не общаться с миграционкой. Депортация возможна.