При покупке билетов из СПБ в Ереван (пересадка в Москве) ввела данные загран паспорта. Подскажите пожалуйста это ведь не проблема ?

Это не проблема. Гражданам РФ въезд в Армению разрешен по внутренним и загранпаспортам, пользуйтесь, каким Вам нравится. Более того, вы можете билет брать на загран, а пограничникам предъявлять внутренний (если не хотите украшать загранпаспорт лишними штампами), никто Вам кривого слова не скажет.