Кто был в Японии, подскажите, если есть jr pass, какие билеты на транспорт лучше покупать? Действуют ли суйка/пасмо во всех городах (Киото, Нара, Осака, Хиросима) или только в Токио? Есть ли в них вообще смысл, если отели рядом со станцией поезда Jr?

Непосредственно по городу не всегда удобно передвигаться только с пассом. Времени больше тратится. Иногда автобусы быстрее, удобнее. Зависит от маршрута.

Да, действует. Если вдруг не работает при смене региона - обратитесь к сотруднику станции, прокатиться у себя и все включится.