Въехали в Молдову по загранику РФ, получили гражданство РМ. Скажите, что делать с периодом нахождения 90 дней в Молдове? Как и кого уведомить о получении гражданства для дальнейшего легального нахождения в стране?

Достаточно при выезде одного паспорта РМ , если его получили. Никаких нарушений не будет при выезде по нему . Идентификационный номер в базе не изменится. Уведомлять в РМ никого не нужно, можете находиться сколько угодно.