Подскажите, пожалуйста, 90 дней считаются суммарно? Например, 3 недели (21 день) были в Казахстане, выехали на неделю в РФ, заехали снова на 3 недели в РК (21 день). Будет считаться, что были в РК в сумме 42 дня?

Можно сказать и да, но тут все зависит от сроков выезда из РК. Всё считается несколько сложнее в общем случае. Между заездами в РК может быть и неделя, а может быть и 3 месяца.

В вашем случае который вы описали, да, будет в сумме 42 дня, за последние 180 дней.