Подскажите, в паспорте РФ поставили печать о регистрации в Ереване. Потом уже узнала, что паспорт считается уже не действителен в РФ. Скоро полечу в Россию, могут ли быть проблемы на таможне по прилету ?

Насчет таможни не знаю, но оффициально - паспорт не действительный. Знаю случай, в консульстве РФ в Армении изьяли такой паспорт при предьявлении. В любом случае, даже если не заметят, советую паспорт поменять в РФ.