Буду подавать на турист визу, желательно быть в Японии максимум дней (стажировка), билеты для визы тогда можно впритык по дням брать? Или лучше чтобы 89 было вместо 90.

На стажировку могут тур визу не дать.

«Однократная туристическая виза выдается под поездку на 15-30 дней пребывания и допускает однократный въезд для осмотра».

Если стажировка, то это не тур виза. По срокам, всегда беру запас пару дней на случай тайфунов/чп и тд., т. е. 88-89.