Скажите пожалуйста, а проездной на метро в Японии, например, на 3 дня, за 1500 йен покрывает все метро Токио, или на каждую линию свой проездной?

На все 2 компании что есть в Токио а это Tokyo metro и Toei. Если планируете много ездить, то его выгодно брать.

Метро покрывает, поезда - нет. То есть кольцевая линия яманоте, линия тюо и прочие линии Jr и частных компаний, а также brt юрикамоме не покрываются.