У кого есть ИП в Грузии, скажите, если в одном месяце случайно заплатил дважды налог по малому бизнесу, лишнюю переплату как зачесть?

Сама зачтется.

Проверьте, чтобы на вашем счету в ЛК оставались данные средства. Если платеж не зачислился, то подать заявление на зачёт платежа.