Получается при наличии гражданства КР и после получения гражданства РФ, при возвращении в Кыргызстан, нужно выезжать из России только по паспорту РФ, а въезжать в Кыргызстан только по паспорту КР? Я правильно понял?

всё правильно поняли.

Правильно.

Да, все верно поняли. Правда, на кыргызской границе пропускают и с российским, зависит от пограничника. Но лучше все делать как положено. Так лучше при любом раскладе, особенно, в случае форс-мажоров (пример, пандемия, когда границы стран закрылись и у людей возникали проблемы с пребыванием в чужой стране - визы, регистрации и т. п.)