У кого есть ИП в Грузии, скажите, если открыть ВНЖ в Грузии, то он обнуляется если отсутствовать там длительное время и вести дела удаленно?

Он аннулируется, если уходит основание его получения. Например, с рабочим ВНЖ по ИП+50 к лари/12 мес можете и не жить в Грузии, по недвижимости на 100 000$ - тоже, а по учёбе - нужно не быть отчисленным из учебного заведения, например.