Открыто ИП в Грузии. Контракт с Эстонией При переводе теперь у компании партнера проблема, что он должен удержать 20% так как я имею Российское Гражданство. Как-то можно решить это?

Это не связано с российским гражданством. Нужно подтвердить неэстонское налоговое резидентство.

Скорее всего это НДС. Обычно по Европе счета выставляются с НДС, после чего Эстония у себя уже бы требовала возврат НДС от своей налоговой, а вы бы этот НДС платили в своей. По крайней мере так работает внутри ЕС, и, вероятно некоторыми странами применяется и вне ЕС. Гражданство при этом роли не меняет, даже если вы гражданин ЕС.