Скажите, как лучше расплачиваться в Японии, если не везде карты принимают?

Наличкой.

Ну носить какое-то количество налички с собой, как и везде) или искать надписи cash only и избегать заведения при виде) вот как раз позавчера в раменную заходил, там мало того что только кеш, так еще их автомат и сдачу только мелочью выдает но рамен вкусный)