Подскажите, пожалуйста, можно ли прилететь из России в Женеву, если у меня французская виза типа D и дальше я направляюсь туда?

Можно.

В Женеве вам нужно выйти через французский погранпункт, наверное, т. к. в первую очередь рабочая виза это национальная, возможно есть какие-то нюансы и допустимые разрешения в сегодняшних реалиях.

С рабочей визой Д вы можете перемещаться по шенгену без проблем. В Женеве есть выход на Франц сторону. Попросите на паспортном контроле, чтобы вам проставили штамп въезда в паспорт, он нужен для валидации визы. Они иногда забывают шлёпнуть, у меня так было.