Подскажите пожалуйста, скоро заканчивается срок российского загран паспорта, хочу обратиться в консульство РФ в Израиле для замены.

Вы сменили имя в Израиле как гражданин Израиля. Для РФ у вас осталось прежнее ФИО. Соответственно вам в новом российском паспорте укажут имя и фамилию как с старом. Если вы хотите чтобы а российском фигурировало новое ваше имя - вы должны в консульстве перед подачей заявки на новый паспорт подать заявление на перемену имени, только после этого вам оформят новый загран на новое имя.