Подскажите пожалуйста кто оформлял новые е визы на 3 месяца что указывали Multiple entry или Single entry?

Так смотря что вам нужно. Если хотите выезжать и заезжать в эти 90 дней, тогда мульти. Если нет, тогда сингл.

Single $25, multiple $50.