Получили паспорт из консульства Кипра (курьерской службой) и вместо визы стоит каком то штамп с указанием типа визы С и датой. Не понятно, отказ это или нет?

Отказ должны, кажется, были еще приложить распечатку, в которой отмечена общая вероятная причина.

Отказ в визе.

Такой штампик ставят в паспорт в консульстве при получении документов на визу. Потом сверху клеит визу. Если визу не приклеили - значит, видимо, не дали.