Подскажите пожалуйста, гражданин Казахстана, в РФ был год по работе, кончается регистрация, если я выеду в Казахстан, я не смогу вернуться в Россию через пару дней? Откажут пока 90 дней не пробуду в Казахстане?

Так вы узнайте об этом в России. На сколько мне известно в России нет такого, но уточнить стоит. Поинтересуйтесь в местной миграционной службе.

У Вас какие документальные основания пребывания в РФ были? Если, например, трудовой контракт с российской ООО-шкой, то подсчет 90/180 будет начинаться после окончания срока действия контракта. PS Сам по себе миграционный учет -- это НЕ основание пребывания. PPS Можете сделать очень просто, летите ALA-NQZ-MSQ и дальше на поезде в РФ. Но только на поезде, НЕ автотранспортом!!!