Подскажите, пожалуйста, нахожусь в Болгарии по шенгенской визе, хочу поехать в Македонию, потом в Шенген, будет ли пребывание в Македонии , 10 дней, уменьшать мои дни в Шенгене или останется три месяца?

Это ни в одном документе чётко не прописано. Потому, никто вам на этот вопрос чётко не ответит, включая пограничников. По факту, можно только вероятности оценивать. Хотите гарантий - считайте, что будет уменьшать. Если Вы не за гарантиями - действуйте на свой страх и риск.