Как Базис банк контролирует нахождение в Грузии не менее 3 месяцев?

Скорее всего по штампам в паспорте.

Мне кажется "точно" вам здесь никто не скажет, но на практике - просто спрашивают. У меня, например, штампы точно не смотрели, всё очень френдли, но, как говорится - депендс.