Подскажите пожалуйста. После прилета в Португалию через Лиссабон с паспортным контролем , нужно подавать информацию в СЕФ или заезжать в отель? Или билета хватит потом для подтверждения легального въезда?

Хватит. Вроде нужна вся цепочка. С билетом в зону ЕС.

Если вы заезжаете в Португалию не напрямую, вы обязаны зарегистрироваться и проще сделать это через отель. За это нарушение сейчас вроде не штрафуют, но теоретически могут.