По прибытию в Казахстан надо в течении трех суток отметиться куда и к кому приехал, это должен делать собственник и как и где? И возможен ли дистанционный вариант?

Через сайт egov или приложение eqonaq собственник может сделать, в интернете есть инструкции Всё делается удалённо.

Да, собственник жилья, онлайн через визово-миграционный портал или сайт еконак. Называется Уведомление о прибытии иностранца.