Если купить тур на 3 чел с перелетом без багажа, можно ли потом самостоятельно оформить багаж только на один билет?

Можно.

Да. Можно. Тур не покупали, но берём всегда билеты без багажа. В случае необходимости покупаем один багаж на двоих в бронировании.