В компании происходит перерегистрация юр. лица, стоит ли писать эту информацию в справке с места работы? Или просто оставить как есть и надеятся, что не будут сверять? .

Пусть в справке будет хоть какое-то название и в анкете такое же (и в ндфл старое вероятно будет отражено и чтобы не отличалось от справки и анкеты). И адрес юридический напишите. Обычно они если и проверяют, то просто в организацию звонят уточнить, работает ли такой.