На работе просят оформить резиденство в КЗ через эцп, но при этом у меня есть гпх в той же рф компании Подскажите, не обернется это какими либо проблемами/лишними налогами?

А от наличия или отсутствия сертификата проблем не добавится. Вы автоматом становитесь резидентом через 183 дня, даже не оформляя сертификат. Соответственно, обязанность сдать декларацию о доходах извне РК у вас остаётся в любом случае. Плюс автообмен данными между налоговыми. Сертификат это лишь формальность для работодателя в РК, чтобы снизить вам налоги с работы в РК.