Вопрос получения паспорта гражданина РФ (внутреннего паспорта) на территории Мальты или где - нибудь в Европе? Это вообще возможно?

Нет, пока только ехать в РФ. И приготовьтесь, через 90 дней как закончится действие этого внутреннего, начнут блокировать банки, сотовые операторы ряд ограничений введут и ещё много всего интересного.

В Италии, 2000 евро, но т. к. услуга относительно новая, непонятно насколько хорошо отработано.

В любом консульстве делается независимо от статуса пребывания. Другое дело, что теперь занимает до полугода вместо ранее 2 месяцев. Ну, и слот получить сразу невозможно.